Montcusel est situé au sud du Jura, à mi-chemin entre Moirans en Montagne et Oyonnax. La commune est composée de trois hameaux : Montcusel, Nezan et Grand Serve.

Le nom de Montcusel viendrait de Mont Cusala ou Mons cuselli, c'est-à-dire le mont à la cascade : on peut supposer que la rivière qui sort au pied de la falaise a dû autrefois se jeter depuis son sommet.